История Большого театра началась с частного Петровского театра (1776–1825) губернского прокурора князя П. Урусова и инженера и театрального антрепренёра М. Медокса. 28 марта 1776 года императрица Екатерина II подписала князю привилегию «быть содержателем всех театральных в Москве представлений» сроком на десять лет, с обязательством в пять лет построить каменный театр «с таким внешним убранством, чтобы он городу мог служить украшением». Эта дата считается днём основания московского Большого театра.
Каменное трёхэтажное строение первого московского публичного театра было возведено на Петровской улице, на берегу Неглинки в 1780 году. Открытие состоялось 10 января 1781 года. Репертуар формировался преимущественно из русских и итальянских комических опер с балетными номерами и отдельных балетов. На первом этапе существования театра оперная и драматическая труппы составляли единое целое (преобладали крепостные артисты). С самого начала существования театра он был средоточием и культурной, и общественной жизни: здесь давались не только представления, но и проходили публичные лекции, концерты, маскарады и балы.
В 1805 году здание сгорело. На его месте под руководством архитектора О. Бове началось новое строительство. В 1806 году труппа бывшего Петровского театра перешла под юрисдикцию Дирекции Императорских театров. Вновь построенный театр был уничтожен во время войны 1812 года.
В июле 1820 года началось строительство нового здания театра, которому предстояло стать центром градостроительной композиции площади и прилегающих улиц. В день открытия Большого Петровского театра (18 января 1825) были представлены пролог в стихах «Торжество муз» М. Дмитриева с хорами и танцами на музыку А. Алябьева и А. Верстовского, а также балет «Сандрильона» на музыку Ф. Сора. Зрительный зал нового театра вмещал свыше 2 000 человек, что превзошло даже столичный петербургский Большой Каменный театр. В репертуаре стали преобладать оперы и балеты. Ставились произведения Л. Керубини, Дж. Россини, Г. Доницетти, В. Беллини, Д. Обера, А. Даргомыжского, А. Адана, Ц. Пуни. С 1823 года на протяжении тридцати пяти лет композитор А. Верстовский практически возглавлял оперно-драматическую труппу Большого и Малого театров. Произошло становление школы московского балета, в том числе силами первой женщины-балетмейстера Фелицаты Гюллень-Сор. В театре состоялась московские премьеры опер М. Глинки «Жизнь за царя» (1842) и «Руслан и Людмила» (1846).
11 марта 1853 года театр вновь сгорел. Восстановление Большого Петровского театра было поручено главному архитектору Императорских театров А. Кавосу. Открытие обновлённого театра состоялось 20 августа 1856 году, через 16 месяцев после начала работ –– к торжествам по случаю коронации императора Александра II. Шестиярусный зрительный зал вмещал 2300 зрителей, был идеален по акустическим свойствам и роскошен по убранству. В день открытия Императорского Большого театра (1855–1917) была представлена опера «Пуритане» В. Беллини. В течение 1860–70-х годов главенствующее положение в репертуаре Большого театра занимали итальянская и французская опера в исполнении артистов итальянской труппы.
Становление отечественного балета было связано с именами балетмейстеров Ж. Перро и М. Петипа. Значимыми событиями в истории балета Большого театра второй половины XIX столетия стала постановка М. Петипа балета «Дон Кихот» Л. Минкуса (1869), а также премьера балета «Лебединого озера» П. Чайковского (1877).
Позже, в афише театра ведущее место стала занимать русская классика: оперы М. Глинки, А. Даргомыжского, М. Мусоргского, Н. Римского-Корсакова, А. Бородина, оперы и балеты П. Чайковского.
Важный этап в истории развития театра связан с В. Теляковским (1898–1901) начинавшим свою театрально-административную карьеру при Николае II в качестве управляющего Московской конторой Императорских театров (а позже — всех Императорских театров). В начале XX века на оперной сцене Императорского Большого театра блистали Ф. Шаляпин, Л. Собинов, А. Нежданова, в балетных постановках — А. Горский, В. Тихомиров, В. Кригер, Е. Гельцер, приезжали на гастроли из Санкт-Петербурга М. Кшесинская, А. Павлова, М. Фокин. За дирижёрским пультом с 1904 по 1906 год стоял С. Рахманинов. Спектакли оформляли художники К. Коровин, А. Головин, А. Бенуа, Н. Клодт.
После Октябрьской революции существование театра оказалось под угрозой. В 1919 году театру было присвоено звание академического и возобновлены симфонические концерты, однако споры о закрытии театра не утихали.
18 февраля 1921 года состоялось торжественное открытие Бетховенского зала (ныне вновь Большое императорское фойе), в течение многих лет функционировавшего в качестве площадки для камерных концертов артистов оркестра и солистов оперной труппы. Артисты Большого стали выступать также на сцене Нового театра – бывшего театра Незлобина (ныне Российский академический молодёжный театр). Новое время выдвинуло задачу создания современного репертуара, который отвечал бы духу эпохи с идеологической точки зрения и отражал созвучные ей поиски новых форм. Перед самой революцией и сразу после неё в труппу вошли артисты: Е. Катульская, К. Держинская, Е. Степанова, Н. Обухова, В. Барсова и многие другие. Заявили о себе дирижёры Н. Голованов, В. Небольсин.
В советское время Большой театр поставил целый ряд современных произведений, самым заметным из которых стал балет «Ромео и Джульетта» С. Прокофьева. Дирижёрское искусство в эти годы представляли Н. Голованов, А. Мелик-Пашаев, Ю. Файер. Развитие оперной режиссуры связано с деятельностью Н. Смолича, Л. Баратова, Б. Покровского. Вокальное искусство представлено именами В. Барсовой, С. Лемешева, М. Рейзена, П. Лисициана, М. Максаковой, В. Фирсовой, А. Огнивцева, И. Масленниковой. Балетную труппу прославили имена М. Семёновой, Г. Улановой, О. Лепешинской, Р. Стручковой, А. Ермолаева, А. Мессерера и хореографов В. Вайнонена, Р. Захарова, Л. Лавровского.
В годы Великой Отечественной войны основная часть труппы была эвакуирована в Куйбышев (бывшую и настоящую Самару), где пробыла почти два года — с октября 1941-го по июль 1943 года. В эвакуации на сцене Дворца культуры имени В.В. Куйбышева были показаны оперы «Пиковая дама» П. Чайковского, «Евгений Онегин» П. Чайковского, «Иван Сусанин» М. Глинки, «Черевички» П. Чайковского, «Травиата» Дж. Верди, «Севильский цирюльник» Дж. Россини и «Кармен» Ж. Бизе, шли балеты «Лебединое озеро» П. Чайковского, «Дон Кихот» Л. Минкуса, «Бахчисарайский фонтан» Б. Асафьева. 5 марта 1942 года оркестром Большого театра под управлением С. Самосуда состоялось первое исполнение легендарной Седьмой («Ленинградской») симфонии Д. Шостаковича. Остававшаяся в столице часть труппы продолжала работать в здании филиала театра, ныне принадлежащего театру «Московская оперетта». Балетная труппа в годы войны пополнилась юными выпускницами хореографического училища и будущими звёздами М. Плисецкой и Р. Стручковой.
26 сентября 1943 года основная сцена Большого вновь открылась оперой «Иван Сусанин» М. Глинки.
В 1955 году на сцене появился новый занавес из парчи — «золотой», выполненный по проекту Ф. Федоровского, который на протяжении 50 лет был главным художником театра.
В 1964 году балетную труппу Большого возглавил Ю. Григорович. Поставленный им балет «Спартак» (1968) А. Хачатуряна с участием В. Васильева, М. Лиепы, М. Лавровского стал зрительским хитом. Событием явился балет «Кармен-сюита» (1967) на музыку Ж. Бизе — Р. Щедрина, созданный кубинским балетмейстером А. Алонсо специально для М. Плисецкой.
Вторая половина XX столетия в опере Большого театра прошла под знаком Б. Покровского. Он возглавлял оперную труппу в 1952–1962 и 1970–1982 годах. Режиссёр не только осуществил более сорока постановок, но и воспитал поколение артистов синтетического типа, виртуозно сочетавших вокал с глубокой актёрской игрой. Именно при нём состоялись знаковые премьеры: «Сон в летнюю ночь» Б. Бриттена (1965), «Игрок» С. Прокофьева (1974) и мировая премьера оперы Р. Щедрина «Мёртвые души» (1977). В 1972 году Покровский основал Камерный музыкальный театр, который позднее, в 2017 году, вошёл в структуру Большого театра как Камерная сцена.
Параллельно расцветала балетная труппа. Эпоха Л. Лавровского (1944–1964) подарила московской сцене легендарную постановку «Ромео и Джульетта» с Г. Улановой. Гастроли «Лебединого озера» в постановке А. Мессерера в 1956 года в Лондоне принесли труппе мировое признание. С 1964 по 1995 год балетную труппу возглавлял Ю. Григорович. Его балеты — «Щелкунчик» (1966), «Спартак» (1968), «Иван Грозный» (1975) — стали золотым фондом русского хореографического искусства. На сцене блистали уникальные артисты: М. Плисецкая, Е. Максимова, В. Васильев, Н. Бесмертнова.
В 2002 году премьерой оперы «Снегурочка» Н. Римского-Корсакова открылась Новая сцена Большого театра, а 28 октября 2011 года, после завершения грандиозной реконструкции исторического здания, начатой в 2005-м, возобновились постановки на основной сцене.
Начало XXI века стало для театра периодом масштабной трансформации. С назначением в 2001 году А. Ведерникова на пост музыкального руководителя началась активная интеграция в мировой театральный процесс. Театр обратился к практике копродукций с ведущими сценами мира: «Летучий голландец» Р. Вагнера с Баварской оперой (2004), «Мадам Баттерфляй» Дж. Пуччини с Парижской оперой (2005). Режиссёр Д. Черняков принёс на сцену новаторские прочтения классики — его «Евгений Онегин» (2006) и «Руслан и Людмила» (2011) стали событиями международного масштаба.
В балетной труппе аналогичные процессы возглавили А. Ратманский (художественный руководитель в 2004–2008 годах), С. Филин (2011–2016) и М. Вазиев (с 2016 года). Репертуар обогатился работами ведущих западных хореографов — Д. Баланчина, Д. Ноймайера, У. Форсайта, К. Уилдона. Театр начал заказывать музыку современным композиторам, результатом чего стали балеты И. Демуцкого «Герой нашего времени» (2015) и «Нуреев» (2017). В 2021 году состоялась премьера масштабного балета «Мастер и Маргарита» в постановке словенского хореографа Э. Клюга.
В оперном искусстве с 2014 по 2022 год значительную роль сыграл музыкальный руководитель Т. Сохиев, при котором существенно обогатился репертуар барочными операми и сочинениями XX века. На исторической сцене выступали мировые звёзды: А. Нетребко, Х. Герзмава, И. Абдразаков.
С 1 декабря 2023 года на пост гендиректора театра был назначен В. Гергиев.