Государственный камерный музыкальный театр «Санктъ-Петербургъ Опера» был создан в 1987 году. Основателем и художественным руководителем театра является Ю.И. Александров. Театр, задуманный как творческая лаборатория, сразу завоевал репутацию «театра поиска». Сценические опыты Ю.И. Александрова наиболее полно и точно отразили суть времени.
С 1987 года театр «Санктъ-Петербургъ Опера» входил в состав Ленинградского государственного объединения «Ленконцерт», из которого был выведен в 1990 году на правах самостоятельного государственного театра.
В 1996 году театр был переименован в Санкт-Петербургский государственный «Камерный музыкальный театр «Санктъ-Петербургъ Опера»
До 1998 года Театр работал на многих сценических площадках (Юсуповский дворец, Эрмитажный театр, особняк Белосельских-Белозерских), только в 1998 году получив своё здание— особняк барона фон Дервиза, расположенный в центре Петербурга по адресу: Галерная ул., д. 33. Именно в этом здании в октябре 1910 года Вс.Э. Мейерхольд организовал «Дом интермедий», где разрабатывал идеи Театра будущего.
Режиссёр Ю.И. Александров в конце ХХ века, продолжая поиски В.Э. Мейерхольда, ищет ритмы, созвучные времени, наполняет оперу контрастами, новаторскими приёмами.
27 мая 1998 года, в день 300-летия Петербурга, впервые на собственной сцене, театр представил мировую премьеру оперы Г. Доницетти «Петр I, или невероятные приключения русского царя».
Диапазон репертуарной программы театра охватывает музыкальные произведения от средневековой пасторали «Игра о Робене и Марион» до произведений современных авторов (русских и зарубежных), например, «Белые ночи Федора Достоевского» композитора Ю.М. Буцко. В разные годы были поставлены оперы, представленые только в репертуаре «Санктъ-Петербургъ Опера»: «Верую» В.Г. Пигузова, оперы «Пятое путешествие Христофора Колумба» и «Пегий пес, бегущий краем моря» А.П. Смелкова, «Белая роза» У. Циммермана, «Песнь о любви и смерти корнета Кристофа Рильке» З. Маттуса, «Иван Грозный» Ж. Бизе, «Вампир» Г. Маршнера, театральная фантазия «Русская тетрадь» («Из еврейской народной поэзии» Д.Д. Шостаковича, «Русская тетрадь» В.А. Гаврилина), «Эсмеральда» А.С. Даргомыжского, «Петр I, или Невероятные приключения русского царя» Г. Доницетти идут только в театре «Санктъ-Петербургъ Опера».
С 2000 по 2012 годы в театре были поставлены такие спектакли, как оперетта «Прекрасная Елена» Ж. Оффенбаха; оперы «Джанни Скикки», «Тоска», «Чио-Чио-сан» и «Сестра Анжелика» Д. Пуччини; опера «Лючия ди Ламмермур» Г. Доницетти и др.
Неоднократно спектакли театра номинированы на премию «Золотая маска» за работу режиссёра: оперы «Борис Годунов» М.П. Мусоргского (1996), «Игроки 1942» Д.Д. Шостаковича (1998), «Песнь о любви и смерти корнета Кристофа Рильке» З. Маттуса (1999), «Травиата» (2006) Дж. Верди, «Дон Жуан» А. Моцарта (2010), «Паяцы» Р. Леонкавалло (2011).
Спектакли «Травиата» (2005), «Чио-Чио-сан» Д. Пуччини (2006), «Паяцы» Р. Леонкавалло (2010), «Белые ночи Федора Достоевского» Ю.М. Буцко (2011), «Обручение в монастыре» С.С. Прокофьева (2012), «Летучая мышь» И. Штрауса (2013), «Не только любовь» Р.К. Щедрина (2014), «Сельская честь» П. Масканьи, «Фауст» Ш. Гуно получили высшую театральную премию Санкт-Петербурга «Золотой софит» в номинации «Лучший спектакль в музыкальном театре».
Многие петербургские артисты прошли школу Камерного театра под руководством Ю.И. Александрова: В. Галузин, С. Лядов, Г. Сидоренко, Э. Умеров, Е. Уланов, А. Нечаева, Д. Головнин, Е. Наговицын, А. Пашиев, В. Гимадиева.
С 2011 года в Театре проводится ряд реставрационных работ: реставрация парадных интерьеров в доме 34 по Английской набережной (2011), относящегося к комплексу зданий театра, системы вентиляции и отопление гостиных (2018–2020), второй части красной гостиной — главной анфилады (2021), фасада лицевого корпуса и внутренних дворовых фасадов (2026). Реставрационные работы панируется завершить до 2029 года.
В 2024 году здание Дворца культуры работников связи на Большой Морской ул., 58, лит. А было закреплено за театром «Санктъ-Петербургъ Опера» на праве оперативного управления для создания второй сценической площадки.
Спектакли и концерты театра с успехом проходили в Азербайджане, Венгрии, Греции, Египте, Индии, Казахстане, Китае, Латвии, ОАЭ, Польше, Сербии, Таджикистане, Турции, Узбекистане, Финляндии, Франции, Эстонии. Особое внимание во время гастролей театр уделяет мероприятиям в Русских домах — Представительствах Россотрудничества, а также освещении значимых дат и событий за рубежом, популяризации российской культуры. Помимо показа спектаклей и концертов театр организует мастер-классы, творческие встречи и конференции.
Отдельно стоит отметить, что с 18 по 20 октября 2024 года театр «Санктъ-Петербургъ Опера» побывал на гастролях в Венгрии, где выступил на новой сцене Венгерской государственной оперы — Eiffel Art Studios в Будапеште.
Коллектив «Санктъ-Петербургъ Опера» многократно проводил гастрольные туры в Сербию в 2017, 2019, 2020, 2021, 2024 годах, прошедшие в том числе в рамках 150-летия Национального театра в Белграде и 20-летия театра «Мадленианум», 75-летия Победы над фашизмом и 80-й годовщины начала Великой Отечественной войны.
Кроме того, театр открывал культурную программу Павильона России на «Эскпо-2020» в Дубае, Год гуманитарного сотрудничества Россия — Египет, многократно участвовал в Днях Санкт-Петербурга в регионах нашей страны и за рубежом.