Театр «Особняк» был основан в 1989 году, став одним из первых негосударственных театров в России. Основателями театра считаются трое молодых актёров: Д.В. Понизов (ставший художественным руководителем театра), И.Н. Ларин и Т.М. Крехно. «Особняк» задумывался как «актёрский театр с приглашёнными режиссёрами», и хотя позднее в театре появилась должность главного режиссёра, это была, скорее, функция связи с миром, а не художественное единоначалие. Командный стиль работы, общая заинтересованность в процессе и результате – основа театрального дела в «Особняке». В 1989 году произошло и ещё одно важное событие: театр обрёл свой дом в помещении бывшей столовой ЖЭКа на Каменноостровском, 55. Именно здесь в 1990 году был доделан и впервые сыгран спектакль «Сон о Вишнёвом саде»— программная премьера театра.
В начале 1990-х годов в театре шли постановки И.Н. Ларина, радикально переосмыслявшего хрестоматийные тексты, которые надолго определили лицо театра. В 1994 году режиссёр А.Ю. Лебедев впервые на профессиональной сцене поставил пьесу начинающего драматурга М.Ю. Угарова «Газета “Русский Инвалидъ” за 18-е июля…», с которой и началась история этого драматурга на профессиональной сцене.
В 1996–2000 годах, с приходом режиссёра В.Г. Михельсона, репертуар «Особняка» был сосредоточен на современной драматургии: спектакли по пьесам М.Ю. Угарова «Истребитель, или Божьи козявки» и «Зелёные щёки апреля» заметно прозвучали тогда и в Петербурге, и на многих российских фестивалях камерных театров. Классическую пьесу С. Беккета «Счастливые дни» В.Г. Михельсон решил как современную, актуальную драму абсурда.
С 2001 года главным режиссёром театра является А.В. Слюсарчук. С его приходом театр заявил о себе постановками по философским и экзистенциальным текстам М. Павича, М. Фриша, Д. Джойса, Ф. Аррабаля, Клима (В.А. Клименко), Э. Ионеско, Ф. Ницше, Ю. Фоссе. В начале 2000-х текстами Клима занимался в «Особняке» режиссёр А.В. Янковский. Впоследствии он создал собственную Театральную мастерскую АСБ. В сотрудничестве с этой Мастерской репертуар «Особняка» обогатился спектаклями в совершенно новом, но для «Особняка» ключе.
В 2005–2014 годах режиссёр театра «Особняк» Ю. Панина создавала спектакли на основе классических произведений, получивших новую интерпретацию. Её компиляции по произведениям А.П. Чехова и У. Шекспира, мистерии по А. Камю и Г. Ибсену были отмечены Премией «Золотой Софит» и получили звание лауреатов фестиваля «Рождественский Парад» в номинации «Лучший актёрский ансамбль».
В 2015–2018 годах с театром сотрудничала режиссёр Я.М. Тумина. Премьера 2018 года «Комната Герды» в постановке Я.М. Туминой и с участием актрисы А.В. Олейник стала лауреатом Российской Национальной театральной премии «Золотая маска» в двух номинациях – «Лучшая работа режиссёра» и «Лучшая работа актёра».
В последние пять лет театр выпустил несколько премьер, расширяя уже сложившуюся команду новыми артистами и режиссёрами. Так, в декабре 2023 года в сотрудничестве с режиссёром В. Бессмертной был выпущен спектакль «Вчерашний чай», мгновенно ставший одним из хедлайнеров афиши театра. В 2020-е годы в театре также ставили спектакли А.А. Образцов (2016–2023) и П.О Семченко (2020). В 2025 году театр обрёл несколько постоянных резидентов среди команд молодых художников — Посттравматический театр Сони Дымшиц и музыкальное объединение mader nort.
В 2025 году «Особняк» впервые запустил архитектурно-театральный фестиваль — проект посвящённый петербургскому зодчему Евгению Левинсону, построившему, в числе прочего, и здание, в котором находится наш театр.
Помимо выступлений на российских фестивалях, театр побывал с гастролями в Германии, Венгрии, США.
На своей сцене театр часто принимает другие камерные коллективы, которые не имеют собственной площадки или приезжают на гастроли из других городов и стран.