Театр кукол в Ханты-Мансийске открылся в 2008 году сказкой «Как Иван-дурак царевичем стал» С. Седова. В период с 2009 по 2013 год должность главного режиссёра театра занимал А. Макеев. Под его руководством был сформирован основной репертуар театра, включающий такие постановки, как «Теремок» С. Маршака, «Наши сказки» К. Фёдорова, «Бука» М. Супонина и «Гусёнок Дорофей» Н. Гернет, которые входят в репертуар театра и сейчас. В этот же период ХМТК начал активно участвовать в фестивалях и гастрольных турах.
В 2015 году театр получил в пользование здание развлекательного центра «Лангал», где была оборудована камерная Малая сцена и арт-пространство для бэби-спектаклей.
В 2016 году в Ханты-Мансийск на должность главного режиссёра была приглашена Е. Евстропова (режиссёр Театра кукол Кузбасса имени А. Гайдара, Кемерово), а главным художником стала Л. Жамалетдинова (главный художник Государственного театра кукол «Бродячая собачка», Санкт-Петербург). Их творческий тандем способствовал формированию узнаваемого художественного стиля театра.
В настоящее время труппа ХМТК состоит из 13 профессиональных актёров-кукловодов. Репертуар театра насчитывает более 36 постановок, ориентированных на различные возрастные категории и включающих произведения российских и зарубежных авторов. Среди них: бэби-спектакли (для детей от 2 лет) — «Пингвинёнок Пиви» П. Парфирова, «Большой/Маленький» Е. Монголиной, «Идём вдвоём» Р. Бокланова; для дошкольников — «Золотой цыплёнок» В. Орлова, «Что случилось с крокодилом» М. Москвиной, «Айболит» К. Чуковского; для школьников — музыкальная сказка «Спящая красавица» по сказке Ш. Перро, постановка «О рыцарях и принцессах» П. Зубарева, военно-цирковое представление «Бах-бах-бах» Ю. Поспеловой; для молодёжи и взрослых — «Кабо-Верде» К. Савельевой, Т. Вайнштейн, «Чехов. Рассказы» по А.П. Чехову, «Две чайки» по К.Д. Бальмонту, «Река Потудань» А. Планова и другие.
Театр сотрудничает с режиссёрами и художниками из Москвы, Санкт-Петербурга, Екатеринбурга, Смоленска, Кемерово. На базе театра основан и успешно развивается фестиваль семейных театров «Варежка», работают Театральный и Семейный клубы.
Театр неоднократно отмечался наградами и признанием профессионального сообщества. В 2024 году спектакль «Удивительная лошадь» был номинирован на Национальную театральную премию «Золотая Маска» в пяти категориях. В 2020 году спектакль «Бах-бах-бах» удостоился звания «Лучший спектакль для подростков» на Большом детском фестивале под руководством Сергея Безрукова в Москве.
ХМТК является активным участником и лауреатом многочисленных международных и всероссийских фестивалей, в числе которых: Московский международный фестиваль театров кукол, специальная программа «Детский Weekend» фестиваля «Золотая Маска» (оба — Москва), Всероссийский фестиваль театров кукол Сибири (Барнаул), Сказочный театральный фестиваль «Я – мал, привет!» (Новый Уренгой), «Театральная карусель» (Лобня), Международный театральный фестиваль современной драматургии «Коляда-Plays» (Екатеринбург), «Оренбургский арбузник» (Оренбург), Региональный фестиваль театров кукол Сибири (Томск), «Все куклы в гости к нам» и «КУКЛАград» (Сургут), Фестиваль кукольных спектаклей для взрослых «Соломенный жаворонок» (Челябинск), Международный фестиваль театров кукол «Петрушка Великий» (Екатеринбург), Международный фестиваль театров кукол «Рязанские смотрины» (Рязань) и другие.
Театр осуществляет активную гастрольную деятельность, уделяя внимание не только крупным центрам, но и малым городам и посёлкам Ханты-Мансийского автономного округа — Югры, с целью обеспечения доступа к театральному искусству для всех жителей региона. С 2018 года ХМТК является участником федеральной программы «Большие гастроли», в рамках которой состоялись обменные гастроли с Алтайским театром кукол (Барнаул), Тольяттинским театром кукол, Челябинским театром кукол, Астраханским театром кукол, Озёрским театром кукол.