Музейная экспозиция «Булгаковского Дома» занимает бывшую квартиру площадью около 100 квадратных метров, состоящую из пяти комнат. В его экспозиции представлены уникальные материалы о жизни и творчестве Михаила Булгакова —документы, вещи писателя и предметы той эпохи. Среди ценных экспонатов — посмертная маска писателя, его кожаный плащ, медицинские инструменты из больницы, где он работал, сумочка второй жены писателя Л.Е. Белозерской; ваза из семьи Светлаевых, описанная в романе «Белая гвардия» и др. Особый интерес вызывает электронная экспозиция, посвящённая жизни и творчеству М.А. Булгакова. Она содержит более 500 фотографий и документов, а также фрагменты из фильмов и спектаклей по произведениям писателя.

Музей предлагает посетителям разнообразные интерактивные возможности. В залах установлены телефонные аппараты, через которые можно не только прослушать экскурсию, но и «пообщаться» с персонажами из «Мастера и Маргариты». Помимо основной экспозиции, в музее регулярно проводятся временные выставки современных художников, что превращает «Булгаковский Дом» в настоящее галерейное пространство. Особой популярностью пользуются театрализованные экскурсии, маршруты по «тайным комнатам» и необычные трамвайные экскурсии по булгаковским местам Москвы. Экспозиция постоянно пополняется новыми материалами, создавая наиболее полный электронный архив, связанный с жизнью и творчеством великого писателя.