Старейший кукольный театр Дальнего Востока был основан в 1939 году: при Театре юного зрителя была организована труппа театра кукол. Премьерным спектаклем стал «Гусёнок» по пьесе Н.В. Гернет (режиссёр А.А. Присяжнюк). По итогам работы группы театра кукол в 1940 году во Владивостоке был создан Приморский театр кукол. Режиссёром стал А.А. Присяжнюк, директором была назначена И.А. Михайловская. В составе первой труппы были актёры: Л. Дубровский, В. Топор, В. Фисенко, В. Кочетова.
В годы Великой Отечественной войны театр выступал в воинских частях, госпиталях, на заводах, в школах с постановкой «Оборонная программа», автором текстов для которой был советский поэт Л.И. Ошанин. В 1945 году в период войны с Японией театр осуществлял бесплатные показы спектаклей для эвакуированных детей.
В 1960 году в Театре появились две труппы: одна базировалась во Владивостоке, другая выезжала с гастролями по Приморскому краю.
Вплоть до 1964 года театр не имел собственного здания. В середине 1960-х годов театр обрел постоянное помещение на Почтовом переулке, в котором просуществовал более 20 лет. В ноябре 1993 года театр разместился в историческом здании «Новый театр» по ул. Петра Великого, 8, в котором находится по настоящее время.
В разные годы театр возглавляли режиссёры А.В. Романов, заслуженный деятель искусств РСФСР И.М. Лиозин, Г.А. Мазин и др. Главные художники – Г. Кутьин, Е. Пыжов, Е. Турецкая, В. Просвирнина. В театре работали артисты В.А. Покулевский, Н.А. Пенькова, Л.С. Краснокутская, Л.Ю. Овчинникова. Музыку для спектаклей писали известные приморские композиторы В.Е. Либерский и А.И. Тихонов.
В 1992 году театр возглавил В.В. Бусаренко. Театр гастролировал в краях и областях Дальнего Востока, Сибири, Европейской части России, Польше, Японии, Южной Корее. Участвовал во Всероссийских фестивалях театров кукол в Томске и Абакане, международных фестивалях в Японии (1995, 1999, 2001) и Южной Корее (1995, 1997, 1998, 2003, 2007, 2010), региональных фестивалях в Комсомольске-на-Амуре (2003, 2004), Петропавловске-Камчатском (2010).
С 2006 года в театре функционирует Малая сцена на 50 мест с репертуаром для самых маленьких зрителей. В театре действуют творческие программы: «Интерактив со зрителем», «Куклы International», «Бэби-театр». Главная творческая цель театра – создание на сцене «Золотой библиотеки» лучших сказок мира. В репертуаре около 40 спектаклей для детей и подростков: русские и зарубежные сказки, пьесы современных авторов, в том числе дальневосточников, концертные программы, творческие вечера ведущих актёров. Активно развивается вечерний репертуар для семейного просмотра. Спектакль «Конёк-Горбунок» был номинирован на включение в «Золотой фонд театральных постановок России» (2025) Союза театральный деятелей России.
В 2022 году в рамках национального проекта «Культура» в театре проведен капитальный ремонт здания театра.
В 2023 году у театра появился логотип, которому четырехлетний зритель – Андрей Першин – дал имя «Цветрёнок».
В 2025 году Театр совместно с Министерством культуры и архивного дела Приморского края стал организатором ежегодного конкурса «На сцене всей семьёй» для семейных театров и непрофессиональных трудовых коллективов Приморского края.
Приморский краевой театр кукол неоднократно принимал участие в федеральных программах: в межрегиональной программе «Большие гастроли» Всероссийского гастрольно-концертного плана (2025); в федеральном проекте «Тепло родного дома», реализуемого Министерством культуры РФ (2026).